2014年，台大園藝系助理教授李國譚，儘管連續六年獲得台大教學優良教師，教學傑出獎，仍因著作審查採用和教育部、校方不同的標準而升等未果，不獲台大續聘，李教授提出申訴，台大教評會認為有理，撤銷不續聘，台大提再申訴跟行政訴訟，都被教育部及行政法院駁回，台大敗訴確定。
2016年，國外網站「學界同行審論平臺」揭露，台大醫學院教授郭明良研究團隊，研究癌症論文實驗涉造假，後續又被發現多篇論文亦有造假情形，其中校長楊泮池擔任數篇論文共同作者。教育部認定台大違反學術倫理，郭明良應負論文指導監督不周責任、楊泮池應負應注意而未注意之責任，決議撤銷郭明良學術獎資格、追回獎金扣減補助經費。科技部認定遭檢舉論文違反學術倫理論文，分別就8位研究人員涉案程度輕重予以停權或書面告誡，追回研究計畫主持費。
2017年，野草莓學運的發起學者，台大社會系助理教授李明璁，儘管也曾獲得台大10年資深優良教師獎、教學優良獎，卻被台大校方認為學術表現不佳，升等著作又與博士論文有高度重疊等等，遭台大決議「不續聘」，李明璁則反批校方比對方式只在意形式主義與量化比對，且校方第二次改寫分數有瑕疵，進而提出行政救濟。2019年，台北高等行政法院判決台大敗訴。
國民黨台北市長參選人蔣萬安，見民調下滑開始冷飯熱炒，造謠陳時中任衛福部長期間，慈濟採購疫苗遭中央阻檔等等，他說，「這就看大家要相信慈濟，還是相信民進黨？就像論文門，你要相信台大還是相信民進黨一樣」。
要不要相信民進黨還是慈濟還是台大並不重要，最重要的，就是不能相信蔣萬安的那張嘴。從結果論，慈濟最終仍然買到500萬劑疫苗，如果中央或陳時中真要阻擋，慈濟還買的到疫苗嗎？儘管陳時中或執政黨已提出多項澄清，蔣萬安絲毫拿不出任何證據仍執意造謠，他是美國律師，應該不是美國法律教育不重視證據法則，而是他為了勝選不擇手段，進而出賣他的職業良知。
在林智堅台大國發所論文被控抄襲，被台大撤銷碩士學位時，也有多位綠營政壇人士認為，人民大多相信台大，無須與台大對槓，背骨的鄭寶清說，民進黨去對抗全台灣最好的大學適不適合要再思考，台大是全世界前百名學校，若不依法處理，台大的精神跟價值通通會丟掉，他深信「這些教授應該不敢亂搞。」但是，看看前面的案例，即使是台大醫學院的教授也會造假論文，甚而台大校長也是論文造假的共同作者，台大校方也多次任意羅織罪名對優良教師不續聘，進而被司法機關判決敗訴，台大是有其精神跟價值，但執行台大精神跟價值的人，可能就是一群亂搞的教授，台大真的那麼大嗎？吾愛台大，但吾更愛真理，在真理之下，台大沒有那麼大，台大也會犯錯，犯很嚴重的錯，犯他們指責別人的錯，台大不僅可以挑戰，台大的光環更可能褪色，台大，絕不是臺灣最大。