副總統賴清德在競選黨主席直指，是否因為論文抄襲、民進黨同志有「黑金」背景，或沒有聽見基層的聲音，所以沒有辦法獲得人民的支持，讓沉寂一時的論文門又浮上檯面，調查官余正煌與林智堅論文抄襲風波，余與林對簿公堂，自訴林違反著作權法、另提告加重誹謗罪。近日傳出余被轉調內勤、有考績爭議等，遭外界置疑是高層對余秋後算帳，法務部長蔡清祥說，調查官在內勤或外勤都需要輪調，要有工作上的歷練，所以過去都是這樣實施的。
外界質疑秋後算帳的說法實在太沉重，這種陰謀論的說法，正是藍營一貫抹黑的論調，反正只要對藍營的人士為任何調查，就會聽到民進黨「查水表」「秋後算帳」「國家機器動起來」「國家機器打壓」等等言論，彷彿他們的所作所為都不能被調查或批評，如同在這個案例，余正煌被輪調內勤是制度使然，照藍營的說法，不管制度如何設計，調查局永遠不能對余正煌打不好的考績，不能任意輪調，不能做不利的行政措施，否則都叫秋後算帳嗎？那調查局上上下下就讓余正煌說了算，還要制度幹嘛？其實，藍營的人如果要指控調查局秋後算帳，應該提出調查局沒有輪調制度，或調查局有輪調制度，但余正煌不至於在這個時間點被輪調，或余正煌並不符合輪調內勤的資格等等；而針對考績爭議，自然要先釐清爭議的重點所在，是打考績的上級有問題？還是被打考績的余正煌要檢討？上級對余正煌打的考績，有無不合法或不正當的地方？余正煌的反駁有哪些證據支撐？如果余正煌能證明做事認真負責，從未因循苟且，絲毫沒有應該被打不良考績的行為還被打不良考績，那社會大眾的確會認為調查局秋後算帳，會給余正煌拍拍手，否則，雖然民進黨大選輸了，這個社會還是要有起碼的是非正義，無端指責調查局秋後算帳，作實了藍營的顢頇無理，仔細想想，從國民黨的兩蔣在臺灣執政，一連串的白色恐怖，警總對異議人士的非法監控及暗自欺壓，會搞秋後算帳這一套，不就是國民黨的專利嗎？
話說回來，調查局掌理的事項，包括洩漏國家機密防制、涉外國家安全調查、兩岸情勢及犯罪活動研析、上級機關特交有關國家安全及國家利益之調查、保防等等，與國家存亡息息相關，所以，調查局人員對國家的忠誠義務，自然較一般人更高。余正煌告林智堅違反著作權、加重誹謗等等，已經進入司法程序，誰對誰錯姑且不論，然而，余正煌論文主角為林智堅，透過所長陳明通協調林智堅「提供當時競選總部內部參考所用之民調數據資料」給他分析撰寫論文，在完成論文後的謝詞感謝林智堅，竟然仍對他的論文主角，協助他完成論文的林智堅提告，除了讓當事人林智堅心寒外，這種近乎用完就丟，還落井下石的人格特質，不免讓人質疑余正煌缺乏對人的溫暖對待，那麼在他處理有關國家安全事務，在面臨外界壓力時，會不會欠缺抗壓進而有影響國安的行為，其忠誠度誠令人質疑，所以，從他對待林智堅論文門的處理方式，他因為考績有爭議，或因爭議而調為內勤，似乎有跡可循，調查局將他的職務調為內勤，就算不是調查局的慣例，也是剛好而已。